首都儿科研究所附属儿童医院成立于1986年，位于北京市朝阳区雅宝路，是集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等儿童专科医院。 

2021年4月26日，首都儿科研究所附属儿童医院顺利通过互联网医院资质准入现场评审，成为北京市第一家通过该评审的儿童专科医院。 

2025年3月10日，“首都儿科研究所附属儿童医院”更名为“首都医科大学附属首都儿童医学中心”。 4月17日，首都医科大学附属首都儿童医学中心成立胎儿医学中心等5个临床诊疗中心。